Дла работы мне был выдан белок бактерии Thermus thermophilus 4WIB, являющийся транспортером магния.
При помощи базы данных OPM (Orientation of Proteins in the Membrane) я нашел этот белок (ссылка)
Теперь необходимо найти белок, содержащий бета-бочку. Это можно сделать при помощи поиска по уровням классификации. Мой выбор пал на 3qra великой и ужасной Yersinia pestis. Он важен для прикрепления к клеткам хозяина и уклонения от иммунных реакций хозяина, облегчая быстрое прогрессирование чумной инфекции .
Изображения этих белков (справа 4WIB, слева 3qra, красные шарики обозначают p-сторону, синие n-сторону)
Необходимо сравнить параметры этих белков, смотри таблицу ниже
| Белок | 4WIB | 3qra |
| Название | Magnesium ion transporter-E (MgtE) | Attachment invasion locus protein |
| Классификация | Тип: 1. Трансмембранный Класс: 1.1. Альфа-спиральный политопный Суперсемейство: 1.1.045. Magnesium ion transporter-E (MgtE) Семейство: 1.1.41.01. Magnesium ion transporter-E (MgtE) |
Тип: 1. Трансмембранный Класс: 1.3. Бета-бочонковый трансмембранный Суперсемейство: 1.3.001. OmpA-OmpF porin family (n=8,S=10) Семейство: 1.3.01.02. Enterobacterial Ail/Lom protein |
| Толщина гиброфобной части мембраны | 31.8 ± 0.8 A | 25.2 ± 1.4 A |
| Трансмембранные спирали/ ?-тяжи (а.о.) |
1( 284- 306), 2( 316- 337), 3( 352- 381), 4( 386- 409), 5( 421- 443) 1( 284- 306), 2( 316- 337), 3( 352- 381), 4( 386- 409), 5( 421- 443) |
1( 29- 37), 2( 54- 62), 3( 69- 75), 4( 98- 106), 5( 113- 119), 6( 141- 150), 7( 157- 162), 8( 173- 180) |
| Среднее количество остатков в одной спирали/тяже | 10 | 8 |
| Мембрана локализации | Внутренняя | Внешняя |
Необходимо оценить корректность предсказаний сервисов TMHMM и Phobius
Ниже представлены результаты, полученные с этих сервисов(TMHMM справа, Phobius слева). Для удобства я загружал только последовательность цепи А
По оси Х обе программы показывают, какие части последовательности находятся с внешней/внутренней стороны, а какие внутри мембраны (смотри легенды рисунков). На оси У обе программы изображают вероятность того, что для конкретного участка предсказание верно.
Обы предсказания совпадают и являются верными. Согласно им цепь А имеет 5 трансмембранных участков, 3 участка в цитоплазме и 3 во внешней среде.
База данных TCBD предоставляет детальную классификацию мембранных транспортных белков, объединяя как функциональные, так и филогенетические данные. В ней представлена информация для более чем 600 семейств транспортных белков. Транспортные системы классифицируются на основе 5 критериев, каждому из которых соответсвует один из 5 символов TC-кода.
В норме TC-код состоит из 5 компонентов: V.W.X.Y.Z. V (число) указывает на класс транспортера (например канал, первичный активный транспортер и т. п.), W (буква) указывает на подкласс, X (число) - на семейство, Y (число) - на подсемейство, а Z соответсвует собственно транспортеру со специфическими субстратами.
В TCBD представлен только первый белок, так как второй не является траспортером.
4WIB имеет код 1.A.26.1.2
Как это можно расшифровать:
© Борисов Евгений 2017